Sở An toàn thực phẩm TP.HCM là cơ quan chuyên môn giúp UBND TP.HCM quản lý nhà nước về an toàn thực phẩm, kiểm tra và xử lý vi phạm hành chính. Sở có nhiệm vụ cấp, quản lý các giấy phép, chứng nhận, xác nhận về an toàn thực phẩm. Sở cũng cấp giấy chứng nhận lưu hành tự do cho sản phẩm thực phẩm xuất khẩu và quản lý an toàn thực phẩm thuộc ngành công thương, nông nghiệp.
